Как решить проблему ограничения в 64К методов в Unity3D

Не удалось это и архитекторам байт-кода Dalvik. Возможно, у них получилось (я не читал спецификации), и винить следует другие элементы тулчейна. Как бы то ни было, если ваша игра превышает ограничение в 64K методов на файл DEX, вам придётся ковыряться в своих нативных плагинах и/или процессе сборки.